私は血が繋がった姉妹だと思います。以下は私の仮説です。（にわかなので原作設定と違うかもしれません。）
フランドールはレミリアと同じツェペシュの末裔。レミリアはツェペシュの末裔ということを自分自身だけのものにしたい一心でフランドールが（単なる）バケモノという印象を運命の操作によって周りに植えつけてしまった。メイドたちに幽閉されたフランドールはバケモノとしての自分が許せなくて、いつ頃からか自ら翼をちぎって骨組みだけにした。フランドールはただ泣いてばかりだった。そのことを見ていた咲夜がフランドールと対話し、翼に色とりどりの飾りをつけた。咲夜から話を聞いたレミリアは改心し、あれからフランドールをバケモノではなく実妹のフランドール・スカーレットとして再び運命の操作をした。
破壊しなかったのは、自分らしさを失いたくなかったからだと思います。