こんにちは！占ツクで『銀髪少女は海軍大将』というONE PIECEの二次創作小説を書いていることと申します！http://uranai.nosv.org/u.php/novel/koto0812/?fr=first_url←こちらからとべます！
partが進んでいくにつれて私の書き方も変わり、やはり違和感なんかを感じるのでは無いかと不安になりまして､､､
是非読んで感想を聞きたいと思いました！
辛口でも受け止めるつもりです！よろしくお願いします！
最初の「1）日常」と最後の「生きる理由」、「177）偉業」のみさらっと読ませていただきました。
（ですので、申し訳ないのですがストーリーへのアドバイスはできません）
簡単な印象としましては、「幼い（小中学生あたりの）女性がターゲットかな」といった感じです。
正直、それで人気が出ているのであればそれで良いような気がします。心配なさっていた書き方の変化もそれほど大きくは感じられませんでした。（顔文字等をやめたのはいいことだと思います）
以下に書くことは確かにアドバイスではありますが、あなたの書き方を大きく変えてしまうものになると思いますので、軽く聞き流していただければと思います。
あくまで文章の対象（ターゲット）を少し変えるためのアドバイスだと思ってください。
「､､､」と読点を重ねる表現は嫌う方が一定数いらっしゃいますので、三点リーダー（･･･←これのことです）を使った方が好まれやすいかと思います。
それから、好みによるのかも知れませんが、文の最後に句点（。←これのことです）を入れないのは見にくく、また改行の増加に繋がると思います。むやみやたらと改行をすることは「ため」（少し多めに改行して雰囲気を作ること）の効果を下げてしまいますので、少し気をつけてみてください。
最後に、だいたい何がおこっているのかはなんとなくわかりますが、やはり地の文が少なめかなと思います。行動の説明だけでなく、登場人物の仕草や表情についてももう少し文章が書けるといいですね。
特に、台本書きをやめるのであれば当然誰が喋っているのかを明確にする必要があります。しかし、あまりにも文章に主語を入れすぎてしまうと、日本語の美しさは半減してしまいます。口調で区別するのは一つの手ですが、それだけでなく、身体的特徴や悪魔の実に関する記述などを利用して地の文でも「誰が」の部分をうまく伝えられるといいと思います。
上から目線の長文失礼しました。