「20XX年、椚ヶ丘中学３年Ｅ組は、防衛相並びに各国の協力のもと、超破壊生物…通称『殺せんせー』の暗殺に成功。彼らは１年で培った絆と暗殺技術で、この偉業を成し遂げ、地球を救った。だってさ！かっこいいね！３年Ｅ組！」 世は空前の３年Ｅ組ブーム。一人一人が伝説として語り継がれる時代。 しかし、世間は知らない。 語られざる暗殺教室「３年Ｅ組」の真実を！