かの惨劇より30年を経た1984年、人類は再び恐怖に打ち震えることとなる。伊豆諸島南端に位置する大黒島より、新たなゴジラが姿を現したのだ。身長80m、体重5万tの更なる巨体を持つゴジラは、自衛隊の反撃にも怯まず東京を再び炎へと沈める。しかし体内に渡り鳥と同様の"磁性体"の存在を見抜かれたゴジラは、誘導波によって三原山の火口へ誘き出され溶岩の只中へ封印。人類とゴジラの戦いは一先ずの終息を見る……はずであった。
しかし1989年、核エネルギーを無力化する"抗核エネルギーバクテリア(ANEB)"を巡る三か国の争いに巻き込まれる形で、ゴジラは三原山から復活を遂げる。自らを止めるためANEBを撃ち込もうとする自衛隊、自らの細胞から作り出された植物怪獣"ビオランテ"との死闘を経て、ゴジラはANEBによって力を鈍らせ長き眠りにつく。
だが、二年後、ゴジラと人類との関係は思いがけない展開を迎える。23世紀の未来より、"ゴジラによる日本の破滅"を謳う"未来人"が現れたのだ。未来人はタイムパラドックスによるゴジラの消滅を図り、日本は救われるかに思われた。だが、未来人の正体は"地球均等化会議"を名乗る過激派集団であり、その真の狙いは20世紀の日本そのものであった。ゴジラに代わり自らの傀儡たる超ドラゴン怪獣"キングギドラ"を生み出し日本を滅ぼそうとするも、巨大コンツェルン"帝洋グループ"の思惑によって復活したゴジラにこれを阻まれる。ゴジラもまた日本を襲撃したが、20世紀に協力的な未来人"エミー・カノー"操るサイボーグ怪獣"メカキングギドラ"の尽力により、苦戦の末ゴジラは退けられた。
【続】