1992年、隕石の落下と人類の自然破壊の影響によりゴジラが復活。そればかりか地球そのものの意思たる"地球生命"の使者、戦闘破壊獣"バトラ"もが太古より蘇ってしまった。その混乱を納めんとして、古代人類"コスモス"の生き残りとその守護神"モスラ"が現れる。珍生物以上の価値を見出ださない人類の欲望に翻弄されながらも、戦いの中でモスラとバトラは"地球の危機"を救うために和解。共闘の末ゴジラをベーリング海へと封じ込める。バトラの、身を呈した犠牲の上に。
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同年、人類は止まるところを知らないゴジラの被害に対応すべく"国連G対策センター"を筑波に設置。同時に対ゴジラ軍事組織"G-force"が編成され、各国の枠組みを越えた"ゴジラ撃滅"に本腰を入れ始めた。
1993年までの間に、対ゴジラ戦闘マシンの開発が行われた。まず、航空機型"1号ロボット"こと"UX-01-92ガルーダ"が試作されるも、優れた飛翔能力に比べ攻撃能力に大きな課題を残す結果となり、より強力な"2号ロボット"の開発が直ぐ様進められた。"2号ロボット"の建造に辺り、1991年に未来人よりもたらされたメカキングギドラの技術が大いに参考にされ、史上最強の対ゴジラ戦闘マシーン"UX-02-93メカゴジラ"として完成を見る。メカゴジラは初戦においてこそ惜敗するも、欠陥の改善とゴジラの生体研究、そして弱点たる低い機動力を補うべく、ガルーダとの合体形態"スーパーメカゴジラ"を得て、ゴジラの弱点部を破壊しゴジラを下したかに見えた。だがここで、対ゴジラ戦闘に乱入してきた翼竜怪獣"ラドン"がゴジラと融合、これを蘇生させるという緊急事態が発生。復活ばかりかより強化されたゴジラの前にスーパーメカゴジラは大破、ゴジラの撃破に失敗する。
【続】